1957年党内开始整风运动,不久转为反右斗争。在错误方针指引下,混淆了两类不同性质的矛盾,造成反右斗争扩大化。一批学生、教师、干部,其中包括一些知名学者、教授被错划为右派分子,知识分子的积极性受到极大挫伤。
1958年在"左"的路线指引下,以搞政治运动的形式开展了一场教育革命。在运动中,错误地在师生中开展"兴无灭资"的斗争,混淆了思想政治问题与学术问题的界限,挫伤了知识分子的积极性,并冲击了正常的教学秩序。
1960年南京师院根据中央关于高等师范学校必须成为教育革命的学校、文化科学知识质量要迅速赶上综合性大学水平的指示,在课程设置、教学方法等方面进行教学改革。这一时期,教学和科研工作取得了一定的进步,在校学生数由1956年的2015人增至4396人,函授生达3000人,还创办了多科性业余大学招生842人,举办了农业高中师训班等。
1961年,中央提出"调整、巩固、充实、提高"八字方针,学校稳定办学规模以及系科、专业设置。这一时期,院内各项工作步入以教学为主,提高教学质量的正常轨道,并提出稳定教学计划,稳定课程,稳定师资,稳定教材,稳定考试考查制度,稳定教学、科研、生产劳动的时间安排,以便在稳定的基础上得以提高教学质量。
1963年,中央批准华诚一任南师党委书记兼院长。
1964年,根据中央指示,广泛组织师生分批参加农村社会主义教育运动(简称"四清"运动)。
1965年,在句容设立南京师院分部,中文、政教、生物三系200多名学生在句容分部进行半耕半读。